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Par Benoît TOSTIVINT

08 septembre 2025

- 9 minutes de lecture

Logiciel de comptabilité pour profession libérale : comment choisir le bon outil et sécuriser vos déclarations TVA

Gérer sa comptabilité en profession libérale n’est pas une formalité. Déclaration 2035, suivi des recettes et charges, cohérence de la TVA : les obligations sont nombreuses et les erreurs peuvent coûter cher.

Choisir un logiciel de comptabilité adapté à son activité permet de gagner du temps et de sécuriser ses démarches.

Mais pour aller plus loin et fiabiliser vos déclarations de TVA, l’utilisation d’un outil complémentaire comme Nautiles fait toute la différence.

Ce guide vous aide à sélectionner votre logiciel de comptabilité… et à comprendre en quoi l’ajout d’un outil spécialisé TVA peut vous éviter les erreurs qui coûtent cher.

Jeune professionnelle souriante tenant ses lunettes dans un bureau, devant une bibliothèque de travail

Pourquoi un logiciel de comptabilité est indispensable pour les professions libérales

Les obligations comptables des professions libérales

Les professions libérales relevant du régime BNC doivent respecter des règles précises : déclaration 2035, suivi des recettes et charges, gestion des immobilisations, et production d’une liasse fiscale annuelle.

Chaque activité libérale (médecin libéral, avocat, architecte, infirmier, consultant, etc.) doit tenir une comptabilité en ligne claire et à jour pour éviter tout risque de redressement.

Sans logiciel de gestion comptable, le suivi repose souvent sur des tableurs non sécurisés. Cela augmente les erreurs de saisie, la perte de données et le manque de traçabilité en cas de contrôle.

Retrouvez sur le site du service public les formalités de la déclaration 2035 et la liste des pièces à conserver

Les erreurs fréquentes sans logiciel adapté

Quand un professionnel libéral tente de gérer seul ses écritures, plusieurs problèmes apparaissent :

  • oublis de factures ou de justificatifs de dépenses
  • décalage entre HT saisi et TVA collectée
  • mauvaise catégorisation des charges sociales ou des achats professionnels
  • absence de sauvegarde automatique sur un serveur sécurisé
  • incohérence dans le suivi de la balance générale et du compte bancaire

Ces erreurs nuisent à la fiabilité de la liasse fiscale et compliquent la relation avec l’expert-comptable ou l’administration.

Les bénéfices d’un logiciel de comptabilité

Un logiciel comptable en ligne apporte plusieurs avantages concrets :

  • automatiser la saisie comptable et les imports bancaires
  • simplifier la gestion de la facturation électronique (devis, factures, relances) grâce à un module de facturation intégré
  • produire un tableau de bord mensuel pour suivre l’activité en temps réel
  • générer automatiquement la liasse fiscale et la déclaration contrôlée 2035
  • assurer la sécurité des données avec un système de sauvegarde fiable

Le meilleur logiciel de comptabilité permet donc de gérer son activité libérale avec simplicité et conformité.

Nautiles : le contrôle qui fiabilise vos déclarations fiscales

Mais pour éviter les erreurs invisibles, notamment sur la TVA, il reste essentiel de compléter son outil par une solution spécialisée comme Nautiles, qui alerte sur les incohérences et fiabilise vos déclarations.

Quels critères pour choisir un logiciel de comptabilité en profession libérale ?

Simplicité d’utilisation et prise en main rapide

Un logiciel de comptabilité doit rester accessible, même pour un professionnel libéral sans formation comptable.

Une interface claire et intuitive permet de suivre son activité, de créer un devis ou une facture, et de tenir une comptabilité en ligne depuis un ordinateur ou une application mobile.

Pour un avocat, un architecte, un consultant ou tout autre professionnel libéral assujetti à la TVA, il est essentiel de pouvoir gérer son dossier en toute autonomie, sans dépendre en permanence d’un expert-comptable.

Automatisation et synchronisation bancaire

La saisie manuelle est source d’erreurs et de perte de temps.

Les meilleurs logiciels de gestion proposent la saisie automatique des écritures, la synchronisation avec le compte bancaire, et des alertes en cas d’anomalie.

Chaque mois, l’utilisateur bénéficie de rapports fiables et d’un tableau de bord lisible.

Fonctions essentielles pour les professions libérales

Pour répondre aux besoins des professionnels libéraux, un logiciel de comptabilité en ligne doit inclure plusieurs fonctionnalités clés :

  • un outil de facturation avec devis, factures, relances et paiement en ligne
  • la gestion de la TVA collectée et de ses déductions
  • la production de la liasse fiscale et de la déclaration 2035
  • des exports clairs pour l’administration ou l’expert-comptable
  • le suivi des immobilisations et de leur amortissement

Des solutions comme Indy, Sage, Macompta, Ciel Compta Libérale ou Comptalib BNC offrent ces services avec des formules et des prix variés.

Cependant, aucune ne permet à elle seule de sécuriser totalement la déclaration de TVA. C’est là que l’apport d’un outil complémentaire comme Nautiles devient essentiel.

À noter

Les imprimés 2035 et leur notice sont disponibles sur impots.gouv.fr, facilitant la génération de la liasse fiscale.

Les limites des logiciels comptables généralistes

Une couverture globale mais peu de profondeur sur la TVA

Les logiciels généralistes comme Indy, Sage, Macompta ou Ciel Compta Libérale couvrent l’essentiel : facturation, suivi bancaire, déclaration 2035, exports comptables.

Ils facilitent la gestion de votre activité et la tenue d’une comptabilité en ligne, mais leur approche reste standardisée.

Ils manquent souvent de précision lorsqu’il s’agit de vérifier la cohérence de la TVA ou d’anticiper les écarts fiscaux.

Des risques d’erreurs invisibles

Même le meilleur logiciel de comptabilité peut laisser passer des anomalies :

  • différence entre HT saisi, TVA collectée et TVA déclarée
  • rupture dans la séquentialité des factures
  • absence de sauvegarde automatique fiable
  • erreurs de catégorisation ou écritures bancaires manquantes

Ces éléments, s’ils ne sont pas détectés, peuvent compromettre la liasse fiscale et exposer le professionnel libéral à un redressement.

L’importance d’un contrôle complémentaire

Pour une TPE, une PME ou une entreprise individuelle, un logiciel de gestion reste indispensable, mais insuffisant à lui seul.

En pratique, il est nécessaire de compléter cet outil par une solution spécialisée qui alerte sur les incohérences et fiabilise les déclarations de TVA.

C’est précisément le rôle de Nautiles : un service complémentaire qui s’intègre au processus comptable existant, sans remplacer le logiciel utilisé par le professionnel libéral.

Nautiles : un outil complémentaire pour fiabiliser vos déclarations TVA

Double contrôle de la TVA

Nautiles réalise un double contrôle automatique :

  • par variation des comptes clients
  • par calcul basé sur le chiffre d’affaires déclaré

Ce croisement permet d’identifier rapidement tout écart invisible dans un logiciel de comptabilité classique.

Vérification de la séquentialité des factures

La réglementation impose une numérotation continue et sans rupture.

Nautiles analyse la séquentialité des factures, détecte les doublons ou les manquants, et alerte avant la génération du rapport.

Cela assure une conformité stricte au régime fiscal des professions libérales.

Rapport PDF normé pour l’expert-comptable et l’administration

À chaque clôture, Nautiles produit un rapport PDF structuré :

  • anomalies détectées
  • écarts justifiés
  • corrections appliquées

Ce rapport est exportable et prêt à être partagé avec un expert-comptable, une TPE ou l’administration en cas de contrôle fiscal.

Bénéfices concrets pour les professions libérales

Avec Nautiles, les professionnels libéraux bénéficient :

  • d’une déclaration 2035 cohérente et sans erreur
  • d’une traçabilité claire de leurs écritures
  • d’une réduction significative des risques de redressement fiscal
  • d’un gain de temps chaque mois grâce à des alertes automatiques

Nautiles ne remplace pas un logiciel de comptabilité en ligne, mais complète votre logiciel de comptabilité pour assurer un niveau de fiabilité supérieur.

Comparatif : logiciels de comptabilité vs outils de contrôle TVA

Logiciels de comptabilité : des solutions généralistes

Les logiciels de comptabilité en ligne proposent un large éventail de fonctionnalités :

  • facturation et relances clients
  • saisie automatique et synchronisation bancaire
  • génération de la déclaration 2035 et de la liasse fiscale
  • gestion des immobilisations et amortissements

Ces outils sont indispensables pour gérer une activité libérale au quotidien.

Cependant, leur approche généraliste ne permet pas toujours de sécuriser en profondeur la cohérence des données fiscales.

Nautiles : un contrôle spécialisé et complémentaire

Contrairement aux logiciels de comptabilité tout-en-un, Nautiles n’a pas vocation à gérer la facturation ou la paie.

Son rôle est de fiabiliser les déclarations TVA avec des contrôles avancés :

  • double vérification des bases de TVA
  • analyse de la séquentialité des factures
  • alertes automatiques sur les incohérences détectées
  • rapport PDF normé pour l’expert-comptable et l’administration fiscale

Outil

Facturation

Déclaration 2035

Gestion comptable

Contrôle TVA avancé

Rapport normé

Logiciel de comptabilité

Oui

Oui

Oui

❌ Limité ou absent

❌ Non prévu

Nautiles

S’appuie sur votre logiciel

Vérifie la cohérence des données

Exploite et fiabilise vos écritures comptables

Double contrôle et alertes automatiques

Rapport PDF conforme administration

En résumé

Les logiciels de comptabilité sont indispensables pour la gestion quotidienne.

Nautiles, en complément, vient combler leur limite principale : la sécurisation de la TVA et la détection des erreurs invisibles.

Conclusion : sécuriser votre activité avec le bon duo logiciel + Nautiles

Choisir un logiciel de comptabilité adapté à sa profession libérale est la première étape pour gérer efficacement son activité : automatiser la saisie, centraliser les données bancaires, produire la liasse fiscale et suivre un tableau de bord fiable.

Mais même le meilleur logiciel de comptabilité peut laisser passer des erreurs invisibles sur la TVA, la numérotation des factures ou la cohérence des écritures.

C’est là qu’intervient Nautiles : un outil complémentaire, pensé pour fiabiliser vos déclarations TVA et réduire le risque de redressement.

Il ne remplace pas votre logiciel existant, il le complète pour apporter une sécurité supplémentaire.

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Ajoutez le contrôle qui protège votre activité

Avec Nautiles, vous gagnez du temps, sécurisez vos déclarations et protégez votre activité libérale.

Contrôle des écarts de TVA automatisé

Détection des erreurs invisibles

Vérification de la séquentialité des factures

Rapport conforme, prêt en cas de contrôle

Compatible avec tous les logiciels comptables

Questions fréquentes

Quel est le meilleur logiciel de comptabilité pour une profession libérale ?

Il n’existe pas un logiciel unique adapté à tous les profils.

Indy, Sage, Macompta, Ciel Compta Libérale ou Comptalib BNC couvrent l’essentiel : facturation, synchronisation bancaire, déclaration 2035.

Le bon choix dépend de votre activité, de votre budget et des fonctionnalités recherchées.

Comment gérer sa comptabilité en ligne quand on est en BNC ?

Un logiciel de gestion comptable en ligne permet d’automatiser les écritures, de synchroniser son compte bancaire et de générer la déclaration 2035.

Ces outils facilitent le suivi mensuel et offrent un tableau de bord accessible sur ordinateur ou application mobile.

Pour sécuriser la TVA et éviter les écarts invisibles, il peut être utile de compléter son logiciel avec un outil spécialisé comme Nautiles.

Quels outils choisir pour la facturation électronique ?

La réforme fiscale rendra obligatoire la facturation électronique.

Un logiciel de comptabilité doit intégrer un module de facturation conforme pour éditer devis, factures et relances.

Nautiles n’est pas un logiciel de facturation, mais il vérifie la cohérence et la séquentialité des factures générées par vos autres outils, afin de garantir leur conformité.

Comment automatiser sa comptabilité sans être expert-comptable ?

Les logiciels modernes proposent la saisie automatique des écritures, la récupération des données bancaires et la production de rapports mensuels.

Ces fonctions réduisent le risque d’erreur et permettent de suivre son activité sans connaissance approfondie.

Un contrôle complémentaire comme celui de Nautiles apporte une sécurité supplémentaire avant la validation de la déclaration 2035.

Quels sont les avantages d’un logiciel de comptabilité pour une activité libérale ?

Un logiciel adapté simplifie la gestion quotidienne, automatise la saisie, centralise les données bancaires, génère la liasse fiscale et produit un tableau de bord clair.

Ces fonctionnalités permettent de gagner du temps et de réduire le risque d’erreur.

Pour les professionnels libéraux soumis à la TVA, l’ajout d’un outil complémentaire comme Nautiles assure une fiabilité accrue et réduit les risques de redressement.