Contrôle fiscal : comprendre les risques et mieux s’y préparer

Un contrôle fiscal est une procédure de vérification engagée par l’administration fiscale pour s’assurer de la conformité des déclarations fiscales d’un contribuable, qu’il s’agisse d’une entreprise, d’un particulier ou d’une société.

Il vise à détecter les anomalies ou irrégularités susceptibles de justifier une rectification : revenus non déclarés, activités occultes, incohérences de TVA, impôt sur les sociétés ou impôt sur le revenu. La direction générale des finances publiques (DGFIP) pilote cette mission dans le cadre de la lutte contre la fraude fiscale.

Les contrôles fiscaux peuvent prendre plusieurs formes selon le cadre juridique défini par le code général des impôts et le livre des procédures fiscales :

• Contrôle sur pièces : analyse des données fiscales et des comptes à distance
• Examen de comptabilité : contrôle des fichiers FEC via un agent vérificateur de la DGFIP
• Contrôle sur place : visite dans les locaux professionnels ou au domicile du contribuable vérifié (procédure ESFP pour les particuliers)

Chaque contrôle donne lieu à un avis de vérification, fixant les conditions d’intervention et les obligations du professionnel concerné.

La sélection repose sur un système de ciblage numérique piloté par la direction nationale de contrôle fiscal. Elle s’appuie sur :

• des algorithmes de détection d’anomalies
• le croisement de données sociales, fiscales et bancaires
• des signaux d’alerte comme l’absence de séquentialité des factures, des marges incohérentes, ou une TVA non conforme

Certaines professions ou secteurs sont considérés comme à risque par l’État, en fonction de leur exposition à la fraude ou leur historique de redressement fiscal. Un dossier solide, bien documenté et conforme aux attentes du vérificateur, permet de limiter le risque de mise en demeure ou de procédure de rectification contradictoire.

Le délai de reprise dont dispose l’administration pour initier un contrôle fiscal est généralement de 3 ans. Ce délai court à compter du 31 décembre de l’année au titre de laquelle l’impôt est dû. Par exemple, l’impôt sur les sociétés de 2022 peut faire l’objet d’un contrôle jusqu’au 31 décembre 2025.

Ce délai peut être prolongé dans certains cas :

• à 6 ans en cas d’activité occulte ou non déclarée
• à 10 ans si une fraude fiscale est caractérisée

Ces règles sont prévues par le code général des impôts et encadrées par le livre des procédures fiscales. Une mauvaise compréhension de ces délais peut générer un sentiment de fausse sécurité pour le contribuable.

En cas de redressement fiscal, les sanctions et pénalités fiscales peuvent être lourdes :

• intérêts de retard (0,20 % par mois)
• majorations de 10 %, 40 % ou 80 % selon le manquement (simple oubli, manquement délibéré, abus de droit)
• amendes forfaitaires (par exemple, pour un compte bancaire non déclaré à l’étranger)

Un redressement s’accompagne d’une mise en recouvrement, avec émission d’un avis et d’une proposition de rectification. Selon la nature des écarts constatés, une procédure de taxation d’office peut être engagée.

Certaines entreprises voient leur situation se complexifier avec des pénalités sociales, des vérifications croisées avec l’URSSAF, ou l’intervention d’une commission départementale. En cas de litige, un recours hiérarchique ou un contentieux devant le tribunal administratif est possible, mais reste long et coûteux.

Le contribuable bénéficie de plusieurs garanties encadrées par le livre des procédures fiscales. Dès réception de l’avis de vérification, il a droit à un délai de préparation et peut être assisté d’un avocat fiscaliste ou d’un expert-comptable.

En cas de désaccord avec les conclusions de l’administration, il peut répondre à la proposition de rectification dans le cadre d’une procédure contradictoire. Il peut également :

• saisir la commission départementale des impôts
• engager un recours hiérarchique auprès de la direction
• déposer une demande contentieuse devant le tribunal compétent

Le respect de ces droits est un gage de sécurité juridique pour le professionnel contrôlé.

Vos droits (notice, assistance, voie de recours) sont bien exposés dans ce guide de l’Expert‑comptable.

Pendant le contrôle fiscal, l’administration peut demander tout document justifiant les écritures comptables ou les flux financiers :

• fichiers FEC
• balances comptables
• factures clients/fournisseurs
• relevés de comptes bancaires
• contrats et pièces justificatives

L’expert en charge du contrôle (inspecteur ou vérificateur) peut également interroger le contribuable sur la cohérence de ses déclarations. Tout élément transmis doit être conservé et partagé dans le respect des délais indiqués dans l’avis.

Une bonne organisation documentaire limite les risques de retard, d’omission ou de suspicion de dissimulation. L’usage d’un outil structurant comme Nautiles permet d’anticiper ces demandes grâce à un rapport détaillé des écarts détectés et corrigés.

Certains signaux peuvent alerter l’administration fiscale et entraîner un contrôle :

• déclaration de TVA incohérente par rapport au chiffre d’affaires
• ruptures dans la numérotation des factures
• écarts inexpliqués entre charges sociales et rémunérations
• déclaration déposée en retard ou absente
• seuils de déduction dépassés de manière récurrente

Ces éléments sont souvent détectés automatiquement par la DGFIP via des croisements de données. Ils peuvent faire l’objet d’une analyse plus poussée si la situation est jugée à risque ou atypique.

Pour sécuriser votre entreprise face à un éventuel contrôle fiscal :

• vérifiez la cohérence entre bases HT et TVA déclarée
• contrôlez la séquentialité des factures (sans doublons ni manquants)
• assurez-vous de la bonne ventilation des écritures comptables
• préparez un dossier solide avec justificatifs archivés
• mettez en place des contrôles internes avant chaque dépôt de déclaration

L'utilisation d'un logiciel de contrôle comme Nautiles vous permet d’automatiser ces vérifications. En détectant les anomalies en amont, vous gagnez du temps et réduisez fortement le risque de rectification ou de redressement.

La taxe sur la valeur ajoutée représente à elle seule près de la moitié des recettes fiscales en France. Elle constitue donc un enjeu majeur pour l’État, et un terrain de contrôle prioritaire pour l’administration.

Les écarts entre la TVA collectée et la TVA déclarée, les erreurs de taux, ou les oublis dans la comptabilité des avoirs sont autant de motifs de rectification. Ces anomalies sont souvent détectées lors d’un examen de comptabilité ou d’un contrôle sur pièces.

Même les plus grands groupes ne sont pas à l’abri : Canal+ a fait l’objet d’un redressement fiscal record de 655 millions d’euros, lié à l’application d’un taux réduit de TVA sur ses offres. Malgré un accord trouvé en 2025 avec l’administration fiscale, l’entreprise reste exposée, avec une nouvelle procédure de redressement engagée pour 200 millions d’euros supplémentaires sur l’année 2022. Ce cas emblématique illustre la vigilance extrême des services fiscaux sur cet impôt.

Selon les chiffres du ministère de l’économie, la majorité des redressements fiscaux en entreprise sont liés à la TVA. La DGFIP renforce régulièrement ses dispositifs de détection, y compris avec l’usage croissant de l’intelligence artificielle.

Un logiciel comme Nautiles permet de renforcer la conformité des déclarations fiscales à chaque étape :

• recalcul automatique de la TVA à partir des bases HT
• double contrôle : variation des comptes clients et chiffre d’affaires
• vérification de la cohérence CA3 ou CA12
• détection des ruptures de séquentialité dans les journaux de vente

Chaque anomalie est identifiée, expliquée, et doit être corrigée ou justifiée avant génération du rapport final. Cela garantit une déclaration déposée sans erreur et limite les risques de mise en recouvrement.

Pour les cabinets comptables, le contrôle fiscal représente un enjeu de responsabilité. Chaque erreur non détectée peut entraîner des pénalités pour le client et ternir la crédibilité du cabinet.

L’expert-comptable attend des outils normés, duplicables, intégrables à ses processus. Il cherche à :

• fiabiliser les déclarations fiscales sans surcharge
• détecter les anomalies avant dépôt
• suivre les contrôles effectués par ses collaborateurs

Nautiles répond à ce besoin avec des rapports exportables, une logique de contrôle claire et une traçabilité complète, utile en cas de demande de l’administration.

Du côté des dirigeants de PME ou des secrétaires comptables, l’objectif est avant tout d’éviter les erreurs involontaires. Le manque de formation fiscale, la pression des délais, ou l’usage excessif d’Excel augmentent le risque de déclarations inexactes.

Ils attendent un outil :

• simple à prendre en main
• qui vérifie automatiquement les incohérences
• qui produit un document fiable à transmettre au cabinet ou à l’administration

Avec Nautiles, ils gagnent en sérénité et réduisent fortement le risque d’un redressement inattendu.

Le contrôle fiscal n’épargne ni les grandes entreprises ni les TPE. Chaque année, des milliers de contribuables — professionnels comme particuliers — reçoivent un avis de vérification souvent inattendu. Ce n’est pas toujours lié à une fraude : une simple erreur de déclaration, un oubli ou un manque de cohérence peut suffire à déclencher la procédure.

En comprenant les déclencheurs, les délais de prescription, et les obligations qui pèsent sur vous, vous prenez une longueur d’avance. Anticiper les attentes de l’administration fiscale, c’est gagner en sérénité… et éviter de lourdes conséquences financières.